出口退税新机制已运行18个月。其间地方和基层出现的种种问题，使得新机制的漏洞和不足毕现，这大概是政策设计者始料未及的。
退税新机制规定，以2003年出口退税额为基数，从2004年开始，出口退税基数以内的部分由中央财政负担，超基数的增量部分，由中央和地方按增值税的分享比例75∶25共同负担。
当时，改革出口退税机制的直接动因，是中央财政大量拖欠企业退税，政府信用受到严重挑战，财政部官员用“火烧眉毛”形容当时中央财政的处境。
新机制意味着地方政府为之承担的出口退税数额相应增长，造成出口地政府财政缺口的快速扩大。今年十届全国人大三次会议，出口退税问题成为代表关注的重点。浙江代表蒋福弟提交的“关于调整、完善出口退税政策的建议”，被财政部列为重点办理的两件建议之一。
财政部党组副书记、常务副部长楼继伟专程到杭州，召开部分在浙全国人大代表、全国政协委员座谈会，听取他们对完善出口退税机制的意见和建议。
座谈会上，代表们对出口退税存在的突出问题直言不讳，如征税地和退税地相分离‚政策设计不合理；增加了地方财政支出压力，影响地方竞争力，出现由中央拖欠演变为地方拖欠的面；促使贸易方式发生变化，不利于产业结构的调整和产业水平的提高；影响区域经济合作，容易出现地方保护主义，导致市场割据等。
楼继伟表示，关于完善出口退税机制的政策方案，财政部“已制定得差不多了”，将充分考虑地方的意见。6月9日，财政部部长金人庆在中宣部等六部委联合举办的形势报告会上也说，财政部拟定了完善出口退税负担机制的办法，力争尽快报批出台。
尽管存在的问题显而易见，但找到一个各方都满意的方案却是难上加难。
财政部预算司官员表示，财政部探讨了几种方案，但是难以让各方都满意，原因是全国东、中、西部地区利益不一样，对完善机制的想法也不一样，即使东部地区的想法也不一样。东部口岸城市和出口大省是外向型经济，退税负担重，中西部地区提供原材料而出口量小。在东部地区，有些以一般贸易为主，有些以加工贸易为主。
财政部将方案难以出台归于地方的利益难以统一。事实上，较根本的分歧，是中央与地方政府对于分级分担立场完全对立。
财政部的想法，是中央与地方政府分级负担的机制不做改变，只是对基数和分担比例进行调整，调高一些口岸城市及出口大省的基数，适当降低地方负担比例，如调低到12.5%-20%。此外，将用专项资金对部分地区进行补助，以减轻地方财政的压力。
而地方政府认为，这只是将现有矛盾向后推移，“分担10%也是负担，征、退税地不匹配问题不解决，同样的问题早晚还会出现。”
蒋福弟建议，在近期，可提高中央负担比例，降低地方负担比例；对出口退税基数予以动态性调整；合理确定出口退税地方负担的限度，或给予地方适当专项补助等，确保地方财政可持续运行。从长远看，出口退税要从目前的“两人抬”改为“一人挑”，由中央财政来负担。可进一步对出口退税进行结构性调整，降低出口退税率；用进出口环节增值税和关税进行冲抵。
简言之，地方政府的想法，是希望从根本上解决现有机制的矛盾，而不是出台一个只是将矛盾延缓的修补方案。他们认为，只有中央全额退，才能从根本上解决地区之间的壁垒问题。如果还坚持进行中央与地方分级负担，则希望将进口环节增值税给地方分一部分，以弥补地方退税负担的不足。
但是，如果这样改，就又回到了2003年改革的起点。全额负担，中央财政能承受吗？
当初提出改革出口退税机制，财政部的依据是，增值税收入中央与地方75：25分享，却由中央财政100%负担退税，会使得中央财政也难以为继。
反思当时中央的退税政策，增值税收入75：25分享，出口退税也75：25分担才能平衡，这样的理由看似无可厚非。但是，退税只是对出口产品，而征收增值税不仅仅是限于出口产品，中央政府从非出口产品中收到的增值税并不退税。
2003年，中国国内增值税收入7341多亿元，中央分享了其中75%约5506亿元，进口货物增值税约2755亿元全部归中央，中央总计得到了8261亿多元，而当年出口退税总计2018多亿元，减去中央对地方的税收返还约2700亿元，仍有3543亿元的余额。
2004年新机制开始运行，半年之后，欠企业的退税就全额还清。接近年底，中央财政在国库仍有几千亿元存款，财力状况连专家的预测都大跌眼镜。
显然，当年中央财政欠退税，是增值税收入与支出相对不匹配；而新机制导致的地方收支不匹配，却是绝对差额导致赤字，地方政府当然难以承受。
国务院发展研究中心宏观部倪红日研究员认为，造成出口退税资金不足等问题的原因，虽然与财政收入的总量有关，更主要的在于中央、地方财政收入分成体制的不完善。完善出口退税机制，必须与政府间财政预算管理体制的深化改革、转移支付制度的完善结合起来考虑。
她认为，大的思路有两种选择：一是在现行“分税制”体制基础上，“一步到位”地深化改革，彻底构筑起基本规范的政府间财政关系。在这一改革中，将出口退税纳入政府间财政收支划分中做统筹考虑；二是仍然使用目前政府间财政关系的渐进性改革思路，不断地进行微调。
具体而言，完善出口退税机制，税收计划的制定应剔除出口退税因素，取消免抵调库政策，夯实税基，在预算时就为出口退税准备好资金，不留缺口。此外，将进口环节增值税也按照出口退税分配基数的同一口径，在中央财政和地方财政之间进行分配，基数内的，定为中央税，超基数的部分纳入中央、地方共享税的范围。
还有专家认为，另一种彻底的改革思路是调整贸易政策，取消出口退税。财政部科研所副所长刘尚希说：“现在应该到了考虑调整我们的贸易政策的时候了。”他认为，中国加入WTO以后，应该对过去单纯鼓励贸易的政策进行调整。目前的加工贸易，实质就是挣取一点劳务费，却将很高的污染成本都留在了中国，干净的商品都出口到了国外，商品增值也让国外拿走了。
“这等于是我们在给国外提供补贴。”刘尚希认为，在目前人民币面临升值压力、出口企业频繁遭遇国外反倾销的情况下，应考虑将这种鼓励出口的退税政策进行调整。
